Prema Muzeološkoj koncepciji dr. sc. Nikole Tvrtkovića stalni postav Muzeja realizirali su djelatnici Hrvatskoga prirodoslovnoga muzeja iz Zagreba; prezentiran je tehnikama informativnih panela, trodimenzionalnih prikaza staništa (diorama), prepariranih životinja u ladicama i vitrinama te multimedijskih audiovizualnih prikaza. Prostorna organizacija raspoređena je u pet soba i prikazana temama u kružnom rasporedu.
Prva soba predstavlja Geološke i biospeleološke specifičnosti delte rijeke Neretve, geološki stup, kao i 3D špiljski prikaz sa podzemnim specifikumima te rezultatima dosadašnjih istraživanja pijeska Neretve. Za posjetitelje je izrađena i interaktivna mapa delte s prostornim rasporedom speleoloških objekata koja predstavlja njihovu rasprostranjenost i bogatstvo u delti. Poznati podaci o endemskoj podzemnoj fauni, špiljskom nakitu (stalagmiti, stalaktiti, strujnice, zavjese i kaskade, kamenice…) te arheološki nalazi iz različitih speleoloških objekata predstavljeni su u „diorami špilje„ koja nudi cjelovit prikaz podzemnih krških fenomena.
Kroz drugu, treću i četvrtu sobu protežu se trodimenzionalni prikazi vodenih i kopnenih staništa delte rijeke Neretve – od močvare, tršćaka i kanala, longitudinalnog vodenog toka rijeke, kamenjara i točila, šumskih staništa pa do antropogeno uvjetovanih naselja i poljoprivrednih površina. Dioramski prikazi završavaju ‘aerodromskom’ scenom selidba ptica te scenama zimovanja u vodenim i kopnenim staništima. Popraćeni su video materijalom ponašanja životinja u specifičnom staništu, zvukovima glasanja ptica i vodozemaca, multimedijalnim prikazom bioraznolikosti staništa kao i raznovrsnošću kukaca, puževa i školjkaša u vodenim i kopnenim staništima delte rijeke Neretve. Iz treće sobe izlazi se u vrt Muzeja koji u autohtonoj vegetaciji pruža dom pticama i kukcima u kućicama za ptice i hotelu za kukce.
Peta soba posvećena je aktivnoj zaštiti i očuvanju biološke raznolikosti ovoga područja, osvješćivanju realnih ugroza komercijalnog korištenja prirode te interaktivnim kutkom u kojem se naglašava važnost sustavnog promatranja ptica te svrhe prstenovanja. Postav završava atraktivnim kratkometražnim filmovima te pitalicama za djecu. Poseban dio posvećen je članovima Lovačkog društva Liska iz Metkovića koji su dugogodišnjom suradnjom s Dragutinom Rucnerom prikupili Ornitološku zbirku što se danas čuva u Muzeju.